CPAP cihazının zararlarının başında baş ağrısı, burun kuruluğu, maske rahatsızlığı, midede hava dolmuş hissi, nefes vermede zorluklar olarak sıralanabilir.
Maske kaynaklı rahatsızlıklar:
Maske seçimin doğru bir şekilde yapılması CPAP cihazının kullanılmasının kolaylaşması ve uyku konforunun arttırılabilmesi için çok önemlidir. Pek çok CPAP cihazı üretici ve satıcı firmasının elinde çeşitli maske seçenekleri olmayabilir. Bu durumda cihaz alınırken diğer maske seçeneklerinin neler olduğu, burun ve yüz yapısına daha uygun bir maskenin olup olmadığı anlanabilir. Bu hastaların çok sık karşılaştığı bir durumdur.
Basınca karşı nefes vermekte güçlük verme:
Sabit basınçlı olan CPAP cihazı kullanım rahatlığını arttırılması için piyasaya sürülmüş olan ilk alternatif cihaz, 1988 yılında Respironics firması tarafınca keşfedilen nefes alma ve nefes verme sırasındaki farklı 2 seviyede basınç ayarına sahip olan BiPAP cihazları olmuştur. Ardından cihazları hastaların nefes verme konforunu arttıracak yeni özelliklere sahip olarak uyku apnesi rahatsızlığı olan hastaların hizmetine sunulmuştur. Eğer cihazda bu özellikler bulunmuyorsa nefes vermede zorluk yaşanması riskini arttırır. Bu konfor özellikleri hastaların CPAP cihazını doğal solunum uygun şekilde basıncı otomatik şekilde değiştirme olanağı tanır. Yapılmış olan bilimsel çalışmalar sonucunda Flex teknolojisi sahibi olan CPAP cihazlarının sabit basınçlı cihazlara oranla uykuda kullanım süresini %25 arttırdığı tespit edilmiştir.
Ağız ve burunda kuruma olması:
CPAP cihazı kullanımı sırasında ağızda ve burunda kuruma şikayeti sebebiyle cihaz kullanılamıyorsa, öncelikle kurumanın sebebi tespit edilmelidir. Uyku sırasında ağızdan hava kaçaklarının yaşanması kurumaya sebebiyet verebilir. Bu şikayet yeni cihaz kullanıcılarında ilk birkaç seferde devam edebilir, sonraki aylarda ise kendiliğinden azalır. Eğer şikayet azalmıyorsa ve bu durum cihazın kullanımına engel oluyorsa, kişiye uygun ağız-burun maskesi ile kullanmak hava kaçaklarını azaltacaktır. Ortamın havasının kuru olduğu bir yerde cihaz kullanılıyorsa, öncelikle cihazın kullanıldığı ortam daha nemli bir hale getirilmelidir. Tüm CPAP cihazlarına tercihen eklenebilecek ısıtıcılı nemlendirici üniteleri bulunmaktadır. Cihaz temin edilen firmadan, kullanılan modele uygun bir ısıtıcılı nemlendirici alınırsa, solunan havayı ortam havasına göre nemlendirmek mümkün olacaktır. Başka rahatsızlıklar sebebiyle kullanılan bazı ilaçlar da ağız kurumasına neden olabilir.